證券的後台系統，其實在某種意義也可以稱為清算系統。縱觀世界各國證券交易市場，交易方式各異，有氣氛熱鬧的人工競價，有先進快速的電腦自動撮合，也有人工與電腦結合的專家交易系統。交易方式的不同，形成了各個市場各自的特點。而衡量一個市場是否成熟、有效交易方式不是唯一的標準，還應該包括上市公司的質量、投資者素質、市場效率、風險程度以及清算登記制度等因素而其中清算登記制度是否先進、有效，能否與交易系統相匹配是關鍵性問題。一個高效率、有前瞻性的清算交割系統。可以為證券市場整體提供發展空間和方向。試想，交易在數秒鐘內完成，而過戶卻要一周時間，整個證券市場的運作則因此而受到影響。這樣的市場模式是不可思議的。世界證券市場發展的歷史告訴我們，一個成熟的證券市場不僅需要公平、有效的交易系統、法律制度、市場參與者等各方面因素的整體成熟，更需要清算登記體系的成熟，甚至超前發展。
日本證券清算交割系統的基礎是「人」和「股票」，構成了所有數據的基礎，在系統運行的每一個環節，都將一遍遍地被調用。證券後台清算交割系統的心臟是「成交結算」。成交結算是後台系統的開端，也是觸發器，沒有成交結算就沒有了清算和交割。而成交計算的結果又將同時作為清算系統和交割系統的原始數據，所以是整個系統中最為關鍵的最為重要的。一旦出錯並系統繼續運行將導致整個系統的數據出現大面積的不整合，即便是採取數據恢復，由於涉及到範圍非常廣，也會出現難以在短期內恢復的情況。清算交割系統的成果是「錢」和「物」，即清算和交割。算清楚各個賬戶下的錢和物（即股票）後，後台清算交割基本上可以說是成功完成使命了。至於各類票據，文檔的打印發送，雖然也很重要，但是相比清算和交割來說，可以舒一口氣了。
圖 1 日本清算交割系統全局圖
圖 2 證交所、清算機構、決算機構、保管機構業務流程圖
清算機構#
清算機構的主要功能包括債務引受、淨額計算、決算指囑、決算保證四個。
債務引受#
有價證券的買賣成立時，賣方會產生證券的引渡債務和代金的受領債權，買方會產生代金的支付債務和證券的受領債權。清算機構會承擔賣方和買方之間產生的債務，同時獲得相應的債權，成為買方和賣方之間的債權債務當事人。
清算機構進行債務引受，使得清算對手方由原始交易對手方轉變為清算機構，使得各清算參與者能夠在不考慮交易對手方信用風險的情況下進行交易。
此外，由於決算對手方集中在清算機構，清算參與者在決算業務方面的效率得到提高。
淨額計算#
清算機構對清算的交易進行淨額計算時，不是對每筆賣出或買入進行個別計算，而是對每個證券進行計算，對每個代金進行跨證券計算，通過相互抵銷賣出數量和買入數量的差額來進行交割。
決算指囑#
清算機構根據市場成交的約定數據進行淨額計算，確定每個清算參與者的決算數量，同時通知每個清算參與者決算數量，並向決算機構發出決算指囑（根據決算方式，清算參與者也可能根據清算機構的通知發出決算指囑）。
對於使用證券保管振替機構進行股票等的決算，通過將股票等的決算與資金的決算聯繫起來，實現了排除本金風險的 DVP 決算。
決算保證#
市場成交的有價證券的買賣，清算機構承擔債務引受並成為債權債務當事人，即使清算參與者造成決算不履行，清算機構也有義務履行與其他清算參與者的決算。通過清算機構保證決算的履行，市場參與者可以安心地在市場上進行交易。
在日本証券クリアリング機構中，如果清算參與者的決算不履行導致損失，則通過清算參與者存入的清算基金等來補償損失，如果不足，則向其他清算參與者追償，這是一個基於自負責任原則的決算保證制度，同時具有互相保證的最後手段。
決算機構#
株式会社証券保管振替機構#
株式会社証券保管振替機構是根據「社債、株式等の振替に関する法律」運營的振替機構，負責運營株式、轉換公司債型新股預約權附公司債（CB）、投資信託的收益權（ETF）、不動產投資信託的投資口（REIT）等的振替制度。在東証的普通股票交易中，有價證券的交割是在成交日起計算的第四個營業日，通過証券保管振替機構將有價證券從証券公司等的帳戶轉移到日本証券クリアリング機構的帳戶。客戶與証券公司之間的交割是通過開立客戶帳戶，並通過帳戶之間的振替來進行的。
圖 3 清算機構和決算機構的業務流程圖
